在田間植物根際土壤中生存著許多真菌、細菌等微生物，其中有不少是植物的病原物或弱寄生物，當植物受到根結線蟲侵染后，這些微生物可能產生并發為害。

根結線蟲與真菌的關系：與復合病害有關的重要病原真菌有鐮刀菌（Fusarium)、疫霉菌（Phytophthora)、輪枝菌（Verticillium)。

根結線蟲與細菌的關系：與復合病有關的病原細菌有拉爾氏桿菌（Ralstonia)、土壤桿菌（Agrobacterium)和棒形桿菌（Clavibacter)。